Gennem årene har FN oprettet en række særorganisationer, hvor landene samarbejder om at løse bestemte afgrænsede opgaver. De vigtigste organisationer er:
- IAEA (International Atomic Energy Agency), Den internationale organisation for kontrol med militære og civile atomkraftanlæg.
- ILO (International Labour Organization), Den internationale arbejdsorganisation.
- FAO (Food and Agriculture Organization of the United Nations), FN's organisation for ernæring og landbrug.
- UNCTAD (United Nations Conference on Trade and Development) FN's konference for handel og udvikling.
- UNDP (United Nations Development Programme) FN's udviklingsorganisation.
- UNESCO (United Nations Educational, Scientific and Cultural Organization) FN's organisation for uddannelse, videnskab og kultur.
- UNHCR (United Nations High Commissioner for Refugees) FN's flygtningehøjkommissær.
- UNIDO (United Nations Industrial Development Organization) FN's industriorganisation.
- UNICEF (United Nations Children's Fund) FN's børnefond.
- WHO (World Health Organization) Verdenssundhedsorganisationen.
Såvel Verdensbanken som WTO er formelt særorganisationer med tilknytning til FN-systemet. Hjemmesider: Alle organisationernes hjemmesider kan findes på www.navn.org, f.eks. : www.unido.org
