Dette integrationsbegreb står i modsætning til integration i bredden. Med dybdeintegration i EU tænker man på, hvor tæt landene samarbejder. Der er først tale om dybdeintegration, når samarbejdet bliver overstatsligt, som da man fx indførte euroen.
Den mest anvendte form for dybdeintegration i EU er en indskrænkelse af brugen af vetoretten og i stedet en udvidelse af brugen af flertalsbeslutninger på bestemte sagsområder.
