Danmark fik med Edinburghaftalen skrevet fire forbehold ind i traktaten. De fire forbehold, som er nævnt herunder, er jævnligt til debat, og især forsvarsforbeholdet foreslås af flere partier ændret eller ophævet.
- Unionsborgerskabet træder ikke i stedet for det nationale statsborgerskab, men udgør et sæt supplerende rettigheder.
- Danmark deltager ikke i Den Økonomiske og Monetære Unions 3. fase. Danmark står derfor uden for den fælles valuta euro og er ikke bundet af de regler, der vedrører den økonomiske politik, som gælder for lande, der deltager i ØMU'ens tredje fase. Danmark bevarer desuden sine beføjelser med hensyn til pengepolitikken.
- Danmark deltager ikke i udarbejdelsen og gennemførelsen af afgørelser og aktioner på forsvarsområdet.
- Danmark deltager ikke i et overstatsligt samarbejde om retlige og indre anliggender dvs. især flygtninge-, indvandrer- og asylpolitik, men deltager fuldt ud i Maastrichttraktatens mellemstatslige samarbejde.
