Traktaten fra topmødet i Nice 7-10. december 2000 vedrørte især beslutningsprocesserne i Bruxelles for at forberede Unionen på optagelsen af flere medlemmer. I Ministerrrådet fik landene nye stemmevægte: Hvor det samlede antal stemmer før var 87, ændres dette til først 237 for de nuværende 15 medlemslande og senere til 345, når alle ansøgerlande blev optaget. Hvor et kvalificeret flertal før krævede 62 stemmer, forøgedes dette til 169 og senere til 258 stemmer. Danmark fik 7 stemmer i den nye fordeling mod tidligere 3. Vedtagelse af forslag krævede desuden, at et flertal (når forslaget er fremsat af Kommisionen) eller to tredjedele (i andre tilfælde) af landene stemte for, og disse skulle repræsentere mindst 62 % af EU's befolkning.
I Kommissionen beholdt hvert land én kommissær, indtil EU nåede op på 27 medlemmer, hvilket betød, at de 5 store lande måtte opgive deres anden kommissær. Antallet af pladser i Europa-parlamentet blev udvidet fra 626 til 730, og Danmark fik fra 1. januar 2004 14 pladser. Flere beslutninger kunne tages ved kvalificeret flertal, bl.a. beslutninger om handelsaftaler og asyl. Otte medlemslande eller flere kunne indlede et stærkere samarbejde uden om de mere nølende EU-medlemmer, og EU fik mulighed for at påtale og evt. begrænse en medlemsstats rettigheder ved krænkelse af menneskerettigheder og grundlæggende frihedsrettigheder. Samtidig med Nice-traktaten vedtog EU-landene "Det Europæiske Charter om grundlæggende rettigheder", der garanterede EU-borgerne visse fundamentale frihedsrettigheder. Dokumentet er ikke juridisk bindende.
